离子色谱主要用于环境样品的分析，包括地面水、饮用水、雨水、生活污水和工业废水、酸沉降物和大气颗粒物等样品中的阴、阳离子，与微电子工业有关的水和试剂中痕量杂质的分析。
离子色谱仪主要是利用离子交换来进行分离的，其主要是用于环境样品的分析和检测，如：地面水、雨水、生活污水和工业废水等，通过利用离子色谱仪，能够准确的检测出样品中的阴、阳离子，从而对数据进行分析，来了解样品中是否含有危害人们身体健康的物质。同时，随着经济和技术的不断进步，离子色谱仪也开始应用于微电子工业废水和试剂杂质的检测和分析，为电子产品的质量把关，也作为高新的技术手段，受到国内许多厂家的青睐。
据了解，目前，离子色谱仪不仅使用于以上领域，还在食品、卫生和石油化工等方面发挥了不可替代的作用。离子色谱仪也以其质量好，价格低而成为国内企业的选品牌。在离子色谱仪的检测数据中：常见的离子有：
阴离子：F-, Cl-, Br-, NO2-, PO43-, NO3-, SO42-，甲酸，乙酸，草酸等。
阳离子：Li+, Na+, NH4+, K+, Ca2+, Mg2+, Cu2+, Zn2+, Fe2+, Fe3+等。
作为专业检测离子的仪器，离子色谱仪在阴离子分离方面，较其他的仪器更有优势，只要将样品注入到离子色谱仪内，20min左右，通过离子色谱仪检测和分析，能够准确的得到7个常见离子的测定结果。这对于其他的仪器来说，是无法达到这么快的检测和计算速度的。