离子色谱是高效液相色谱的一种，故又称高效离子色谱（ HPIC）或现代离子色谱。离子色谱法利用混合物中组分离子在流动相和固定相间分配系数的差别，当离子在两相间做相对移动时，各离子在两相间进行多次分配从而使各组分离子得到分离，其过程的本质是待分离混合离子在固定相和流动相之间分配平衡的过程。然后用电导或紫外检测器对分离出来的离子进行定性检测，再结合色谱进行定量分析。
离子色谱仪主要由流动相传送部分、分离柱、检测器和数据处理四大部分组成，分离原理也是通过流动相和固定相之间的相互作用，使流动相中的不同组份在两相中重新分配。由于各组份在分离柱中的滞留时间有所区别，从而达到分离的目的。在将分离后的各个成分依次通过一高灵敏度的检测器时就可检测出各离子成分的浓度来，它具有高效、快速、准确的优点。
离子色谱仪的工作原理是输液泵将流动相以稳定的流速(或压力)输送至分析体系，在色谱柱之前通过进样器将样品导入，流动相将样品带入色谱柱，在色谱柱中各组分被分离，并依次随流动相流至检测器，抑制型离子色谱则在电导检测器之前增加一个抑制系统，即用另一个高压输液泵将再生液输送到抑制器，在抑制器中，流动相的背景电导被降低，然后将流出物导入电导检测池，检测到的信号送至数据系统记录、处理或保存。
离子色谱仪压力指示异常的原因：
1、恒流泵单向阀污染。如果淋洗液或水中有少量的固体杂质，有可能污染单向阀。单向阀污染后会产生压力不稳定，甚至压力为0的现象。解决的方法是更换单向阀或将单向阀取下后清洗后再装上。
2、六通进样阀堵塞。在开泵状态下卸开每一个孔路，观察流液情况进行确定和相应的冲洗处理。
3、色谱柱入口处滤膜堵塞。将色谱柱取下并拧下柱头，小心取出其中的滤膜，放人1：1的硝酸中浸泡，超声波清洗30min后，用去离子水冲洗后装上；或将色谱柱反接后冲洗。此方法建议专业的人来完成，使用者不要轻易使用。
4、抑制器或电导池流路系统处有地方卡死。方法检查色谱柱后面部分，观察每个接头的地方是不是有被卡死的现象，并做想应的疏通处理。接头不要卡的太紧了。
离子色谱仪的使用方法：
（1）打开钢瓶气源开关，分压表调到0.2-0.3(建议不关闭钢瓶气源)；
（2）调节减压阀到3－6Psi左右；
（3）依次打开SP泵、EG淋洗液自动发生器、DC色谱单元、AS自动进样器和VWD紫外检测器的电源开关。
（4）如仪器长时间不使用或更换淋洗液后，要先打开平衡泵头上的PRIME阀排气。
（5）打开电脑，待右下角变色龙服务器图标变灰色后，双击桌面的变色龙，打开控制面板。
（6）开泵，根据连接的柱子设定泵流速（氨基酸0.22；糖PA10：1；糖PA200：0.4；阴离子1或1.2；氢氧化钾浓度30mM；阳离子CS18：0.25）；设定柱箱温度（30度）；电导检测器：根据具体的试验条件，在控制面板DC页面选定抑制器类型和电流；在CD页面设定并开启检测器温度。电化学检测器：在ED页面打开池子电压，选择CVMODE为INTAMP并选定波形（WAVEFORM）。
（7）系统平衡
（8）编辑运行样品表（SEQUENCE）
（9）系统平衡好后，停止采集基线，启动样品表，选择要运行的样品表。
（10）做完样后双击打开第一个标准，点击QNT-EDITER，进行数据处理。
（11）关机。